その昔、まだ日本人同士が戦をしていた頃。
室町時代から江戸時代にかけて、日本には各地に『シノビ』が存在していた。
その役割は『諜報』『暗殺』『破壊工作』『主君の警護』など多岐に渡り、強いシノビを持つ藩が世界を治めるだろうとまで言われていた。
しかし、時は流れ、日本に平和が訪れると、次第にその存在価値はなくなり煙たがられるようになる。
すると『シノビ』は自分たちだけの隔離された世界を作り、すっかり姿を見せなくなってしまった。
黒装束を身に着けひっそり暮らす彼らは、いつしか『カラス』と呼ばれるようになった。
そしてそれから数百年後、『シノビ』は現代に『クロウ』として蘇る。
近未来の日本。国家特別防衛課『トクボウ』内の【NEST(ネスト)】。
この課に集められるのは、『未成年犯罪者収容所』からAI がピックアップした【訳アリ】の人材。
彼らには、日本国特有の職業であった“シノビ”が持つ特殊な訓練を受けさせ、更にその訓練の中でも【適合者】 に当たる素質のある人材は、『クロウ』として扱われる。
諜報、防諜、暗殺、警護など多岐に渡るクロウ達の任務を遂行するために協力しながら、忘れかけていた『絆』というものを取り戻し、共に成長していく。
絶望という闇から立ち上がったクロウ達は、光を求めて今日もミッションに立ち向かって行く。